ГМА им. адм С.О. Макарова имеет восемь выпускающих факультетов дневной формы обучения: судоводительский, международного транспортного менеджмента, экономики, судомеханический, электромеханический, радиотехнический, арктический, юридический и отделение заочной формы обучения.
Высокое качество подготовки выпускников академии на всех факультетах обеспечивается квалифицированным профессорско-преподавательским составом, среди которого 75 докторов наук и профессоров, 175 кандидатов наук и доцентов, 50 преподавателей являются действительными членами различных академий, в том числе Российской академии транспорта. Большинство из них являются выпускниками академии и имеют опыт практической работы на судах.
Гордостью академии являются созданные в ее стенах научные школы. Через диссертационные советы, аспирантуру, докторантуру, соискательство прошли многие десятки не только российских ученых, но и специалистов высшей квалификации Польши, Германии, Болгарии, Кубы, Китая, Вьетнама, Северной Кореи, Сирии, Ирана.
